################################################################################################################# ##### EasyStrata-script to extract SNPs that show significant sex-difference ##### Winkler et al - EasyStrata - Supplementary Figure 2 - Pipeline A ##### EasyStrata version: 8.5 ##### Programmer: Thomas Winkler, 2014-04-14 ##### Contact: thomas.winkler@klinik.uni-regensburg.de ################################################################################################################# DEFINE --pathOut /path2output/results --strMissing . --acolIn MarkerName;A1;A2;BETA;SE.2gc;P.2gc --acolInClasses character;character;character;numeric;numeric;numeric --acolNewName MarkerName;A1;A2;BETA;SE;P ## MarkerName A1 A2 Freq.Hapmap.Ceu BETA SE.2gc P.2gc N EASYIN --fileIn /path2PublicGiantResults/GIANT_Randall2013PlosGenet_stage1_publicrelease_HapMapCeuFreq_WHRadjBMI_WOMEN_N.txt --fileInTag WOMEN EASYIN --fileIn /path2PublicGiantResults/GIANT_Randall2013PlosGenet_stage1_publicrelease_HapMapCeuFreq_WHRadjBMI_MEN_N.txt --fileInTag MEN ################################################################################################################# ################################################################################################################# ## EASYSTRATA Scripting interface: START EASYSTRATA ################ ### Merge two input files MERGEEASYIN --colInMarker MarkerName --blnMergeAll 0 ## MarkerName A1.WOMEN A2.WOMEN BETA.WOMEN SE.WOMEN P.WOMEN N.WOMEN A1.MEN A2.MEN BETA.MEN SE.MEN P.MEN N.MEN ################ ### Adjust allele directions ADJUSTALLELES --colRefA1 A1.WOMEN --colRefA2 A2.WOMEN --colInA1 A1.MEN --colInA2 A2.MEN --colInBeta BETA.MEN --blnMetalUseStrand 1 ################ ### Annotate data set with genetic position (chr, pos) MERGE --colInMarker MarkerName --fileRef /path2mapfile/hapmap36.map --colRefMarker SNPID ## MarkerName A1.WOMEN A2.WOMEN BETA.WOMEN SE.WOMEN P.WOMEN N.WOMEN A1.MEN A2.MEN BETA.MEN SE.MEN P.MEN N.MEN Chromosome Position ## The mapfile contains columns SNPID, Chromosome and Position ## We provide an example hapmap b36 map file on our website ################ ### Calculate sex-difference P CALCPDIFF --acolBETAs BETA.WOMEN;BETA.MEN --acolSEs SE.WOMEN;SE.MEN --colOutPdiff P.Sexdiff ################ ### Independentize results according to physical distance criterion d<500Kb INDEP --rcdCriterion P.Sexdiff<5e-8 --colIndep P.Sexdiff --colInChr Chromosome --colInPos Position STOP EASYSTRATA ################################################################################################################# #################################################################################################################