################################################################################################################# ##### EasyQC-script to perform meta-level QC ##### EasyQC version: 8.5 ##### Programmer: Thomas Winkler, 2014-04-04 ##### Contact: thomas.winkler@klinik.uni-regensburg.de ################################################################################################################# DEFINE --pathOut /path2output/results --acolIn ChrPosID;Strand;N;Effect_allele;Other_allele;EAF;BETA;SE;P --acolInClasses character;character;integer;character;character;numeric;numeric;numeric;numeric --strMissing . --strSeparator TAB ### Please define here the CLEANED input files: EASYIN --fileIn /path2cleanedfiles/CLEANED.study1.file1.txt.gz EASYIN --fileIn /path2cleanedfiles/CLEANED.study1.file2.txt.gz # ... EASYIN --fileIn /path2cleanedfiles/CLEANED.study1.fileM.txt.gz EASYIN --fileIn /path2cleanedfiles/CLEANED.study2.file1.txt.gz # ... EASYIN --fileIn /path2cleanedfiles/CLEANED.studyN.fileM.txt.gz ################################################################################################################# ## EASYQC Scripting interface: START EASYQC ################ ## Trait Transformation CALCULATE --rcdCalc max(N,na.rm=T) --strCalcName Nmax CALCULATE --rcdCalc median(SE,na.rm=T) --strCalcName SEmedian RPLOT --rcdRPlotX sqrt(Nmax) --rcdRPlotY 1.75/SEmedian --arcdAdd2Plot abline(a=0,b=1,col="orange") --strAxes zeroequal --strPlotName SEN-PLOT # Use c = 1.93 for CEU Metabochip data ################ ## Z versus P PZPLOT --colBeta BETA --colSe SE --colPval P ################ ## Allele frequencies AFCHECK --colInMarker ChrPosID --colInStrand Strand --colInA1 Effect_allele --colInA2 Other_allele --colInFreq EAF --fileRef /path2reffiles/AlleleFreq_HapMap_CEU.v2.txt.gz --colRefMarker ChrPosID --colRefA1 A1 --colRefA2 A2 --colRefFreq Freq1 --blnMetalUseStrand 1 ################ ## GC GC --colPval P # --fileGcSnps /path2reffiles/QTSNPs_AEL_TW.txt # --colGcSnpsMarker ChrPosID # --colInMarker ChrPosID # Uncomment last three parameters for Metabochip data RPLOT --rcdRPlotX Nmax --rcdRPlotY Lambda.P.GC --arcdAdd2Plot abline(h=1,col='orange');abline(h=1.1,col='red') --strAxes lim(0,NULL,0,NULL) --strPlotName GC-PLOT STOP EASYQC ################################################################################################################# #################################################################################################################