################################################################################################################# ##### EasyStrata-script to create a scatter plot of sex-specific effect size estimates ##### Winkler et al - EasyStrata - Suplpementary Figure 4 ##### EasyStrata version: 8.5 ##### Programmer: Thomas Winkler, 2014-04-14 ##### Contact: thomas.winkler@klinik.uni-regensburg.de ################################################################################################################# DEFINE --pathOut /path2output/results --strMissing . --acolIn MarkerName;A1;A2;BETA;SE.2gc;P.2gc --acolInClasses character;character;character;numeric;numeric;numeric --acolNewName MarkerName;A1;A2;BETA;SE;P ## MarkerName A1 A2 Freq.Hapmap.Ceu BETA SE.2gc P.2gc N EASYIN --fileIn /path2PublicGiantResults/GIANT_Randall2013PlosGenet_stage1_publicrelease_HapMapCeuFreq_WHRadjBMI_WOMEN_N.txt --fileInTag WOMEN EASYIN --fileIn /path2PublicGiantResults/GIANT_Randall2013PlosGenet_stage1_publicrelease_HapMapCeuFreq_WHRadjBMI_MEN_N.txt --fileInTag MEN ################################################################################################################# ################################################################################################################# ## EASYSTRATA Scripting interface: START EASYSTRATA ################ ### Merge two input files MERGEEASYIN --colInMarker MarkerName --blnMergeAll 0 ## MarkerName A1.WOMEN A2.WOMEN BETA.WOMEN SE.WOMEN P.WOMEN N.WOMEN A1.MEN A2.MEN BETA.MEN SE.MEN P.MEN N.MEN ################ ### Adjust allele directions ADJUSTALLELES --colRefA1 A1.WOMEN --colRefA2 A2.WOMEN --colInA1 A1.MEN --colInA2 A2.MEN --colInBeta BETA.MEN --blnMetalUseStrand 1 ################ ### Calculate sex-difference P CALCPDIFF --acolBETAs BETA.WOMEN;BETA.MEN --acolSEs SE.WOMEN;SE.MEN --colOutPdiff P.Sexdiff --blnCovCorrection 1 ################ ### Filter SNPs to focus on SNPs showing some sex-specific significance FILTER --rcdFilter (P.MEN<1e-5)|(P.WOMEN<1e-5) --strFilterName numSignif1e5 ################ ### Scatterplot of sex-specific effect sizes, colour coded for P.Sexdiff SPLOT --rcdSPlotX BETA.MEN --rcdSPlotY BETA.WOMEN --strDefaultColour black --numDefaultCex 1.5 --arcdColourCrit P.Sexdiff<0.05;P.Sexdiff<1e-5;P.Sexdiff<1e-7 --astrColour blue;purple;red --arcdAdd2Plot abline(a=0,b=1,col='orange',lty=5) --strAxes equal STOP EASYSTRATA ################################################################################################################# #################################################################################################################